Na Referendum je izašlo 67% biračkog tijela. Građani Bosne i Hercegovine su se u procentu od 98% izjasnili za nezavisnost i njeno osamostaljenje od bivše SFRJ. Bilo je 64% važećih listića, a 0,25% nevažećih. Protiv nezavisnosti je glasalo 0,29% glasača.
Ne treba izostaviti da je referendum bojkotovala Srpska Demokratska Stranka i da je u mnogim mjestima koje je ona politički kontrolisala nije bilo dozvoljeno otvoranje glasačkih mjesta.