Abdel-Samad wurde als drittes von fünf Kindern als Sohn eines sunnitischen Imams geboren. Im Alter von vier Jahren wurde er von einem 15-Jährigen vergewaltigt, mit elf Jahren von einer fünfköpfigen Gruppe Jugendlicher auf einem Friedhof. Abdel-Samad kam 1995 im Alter von 23 Jahren nach Deutschland. Er heiratete bald darauf eine 18 Jahre ältere „rebellische linke Lehrerin mit Hang zur Mystik“. Abdel-Samad studierte Englisch und Französisch in Kairo sowie Politik in Augsburg. Er arbeitete als Wissenschaftler in Erfurt und Braunschweig sowie in Japan, wo er sich mit fernöstlicher Spiritualität befasste, indem er sich mit den Religionen Shintoismus und dem Buddhismus auseinandersetzte. Dort lernte er seine zweite Ehefrau kennen, die dänischer Herkunft ist. Er lehrte und forschte bis Ende 2009 am Institut für Jüdische Geschichte und Kultur an der Universität München (Dissertationsthema: „Bild der Juden in ägyptischen Schulbüchern“). Danach entschloss er sich, vollberuflich Autor zu werden.
Seit November 2011 ist Abdel-Samad Mitglied im Beirat der Giordano-Bruno-Stiftung.