Handlungsort des Films ist
Boston: Vor Jahren schleuste der Chef der irischen Mafia, Frank Costello, mehrere seiner klügsten und besten jungen Leute in die
Massachusetts State Police ein. Sie sollten den Polizeiapparat unterwandern und Costello mit Informationen versorgen. Zu diesen „Maulwürfen“ gehört auch der junge Colin Sullivan, der bald darauf Karriere macht. Fast gleichzeitig wird der Polizeikadett Billy Costigan von Captain Queenan, dem Leiter der
Undercover-Abteilung, und seinem Assistenten Dignam mit einem heiklen Auftrag betraut: Aufgrund seines Familienhintergrunds glauben sie, dass Billy gute Chancen hat, Costellos Organisation zu infiltrieren, wozu Costigan jedoch zunächst einmal ins Gefängnis muss. Nur die beiden Polizeioffiziere werden Billys wahre Identität als Undercover-Polizist kennen – denn sie vermuten, dass ihre Abteilung längst selbst unterwandert wurde.
Einige Zeit später sind die beiden Männer aufgestiegen: Sullivan ist ein respektierter Polizist in der
Special Investigation Unit (SIU) und informiert Costello über jede Bewegung der Einheit, während Costigan sich einen hohen Posten bei Costello erarbeitet hat, wenn er auch unter dem Stress schwer zu leiden hat. Doch alles droht aus den Fugen zu geraten, als sowohl in der SIU als auch in Costellos Organisation der Verdacht aufkommt, dass in der jeweiligen Organisation ein Spitzel arbeitet. Sullivan wird damit beauftragt, diesen in der SIU zu finden, während Costello an Sullivan die Anweisung gibt, den Undercover-Polizisten in seiner Organisation zu enttarnen, schon um sich selbst zu retten. Ebenso wird Costigan von Costello darüber informiert, dass sich bei ihnen vermutlich ein Spitzel eingeschlichen hat.
Da Queenan die Namen seiner Undercover-Leute geheim halten kann, wird er im Auftrag von Sullivan von dessen Einheit beschattet und schließlich nach einem Treffen mit Costigan von Costellos Männern umgebracht, die von ihm den Namen seines Undercoveragenten wollten. Daraufhin kündigt Dignam, der Sullivan misstraut und keine Daten der Undercover-Abteilung herausgeben will, seinen Dienst. Sullivan nimmt über das Handy des verstorbenen Queenan Kontakt mit Costigan auf, welcher sich zunächst nicht zu erkennen gibt, aber von Sullivan dessen Namen erfährt, und dass dieser den Fall übernommen habe. Als Sullivan herausfindet, dass Costello zudem ein Informant des
FBI ist, verrät er den Aufenthaltsort Costellos an den Leiter der SIU, Ellerby. Durch eine Nachricht Costigans auf Queenans Handy erfährt die Polizei den genauen Aufenthaltsort von Costello, der in einer alten Lagerhalle mit seinen Leuten eine Lieferung Drogen abholt. Während des Einsatzes werden die meisten oder wahrscheinlich sogar alle Begleiter Costellos getötet (abgesehen von Costigan, der von der Falle wusste). Costello wird verwundet, kann aber zunächst entkommen. Er trifft auf Sullivan, der von Costello wissen will, ob dieser seinen Namen dem FBI verraten hätte. Es entsteht ein Streit bei dem Costello seine Waffe zieht, und auf Sullivan schießt, ihn aber verfehlt, woraufhin Sullivan Costello mit mehreren Schüssen tötet.
Costigan, der nun zur Polizei zurückgekehrt ist und aussteigen will, kommt dahinter, dass Sullivan der Maulwurf ist. Sullivan vernichtet daraufhin alle Hinweise dafür, dass Costigan ein Polizist war. Die beiden Leute, die von seiner Tätigkeit wussten sind mittlerweile entweder tot (im Fall von Queenan) oder nicht mehr im Dienst (im Fall von Dignam). Costigan übergibt der Psychologin Madolyn einen Umschlag, der die Beweise für Sullivans Verbrechen enthält. Madolyn lebt zwar mit Sullivan zusammen, hatte aber auch ein kurzes, geheim gehaltenes Verhältnis mit Costigan, wobei weder ihr noch den beiden Männern klar ist, dass es eine Verbindung zwischen Costigan und Sullivan gibt.
Costigan bittet nun um ein Treffen mit Sullivan, gegen den er Beweise in Form von Costellos Aufzeichnungen hat, um ihn zu verhaften. Madolyn, die ein Kind erwartet (es ist nicht eindeutig, ob von Sullivan oder Costigan), erfährt, dass Sullivan die ganze Zeit für die irische Mafia gearbeitet hat und wendet sich daraufhin von ihm ab. Bei dem darauf folgenden Treffen verhaftet Costigan Sullivan. Costigan und ein anderer anwesender Polizist, ein Bekannter von Costigan von der Polizeiakademie, den er um Hilfe gebeten hatte, werden aber von einem weiteren Maulwurf Costellos erschossen, der ebenfalls zu dem Treffen kam. Sullivan tötet diesen Maulwurf und schiebt ihm die Schuld zu, während er Costigan für eine Auszeichnung vorschlägt. Als Sullivan nach Hause kommt, wird er dort von Dignam erschossen, der (wahrscheinlich durch Madolyn) von Sullivans Tätigkeiten erfuhr. Dignam flüchtet daraufhin, und die Kamera zeigt eine Ratte auf Sullivans Balkon krabbeln, vor der Silhouette des
Massachusetts State House.
