Überlagerung der protobaskischen Gene durch indogermanische Nach Untersuchungen des Oxforder Genetikers Stephen Oppenheimer und des Münchner Linguisten Theo Vennemann liegen die Verhältnisse anders. Nach Oppenheimer stellen die Basken den genetischen Grundstock der europäischen Bevölkerung. Zum Höhepunkt der letzten Eiszeit, vor 18000 Jahren, hätten sich die europäischen Jäger und Sammler nach Nordspanien und Südwestfrankreich, also auf die heutigen Siedlungsgebiete der Basken, zurückgezogen. Mit zunehmender Erwärmung hätten sie von diesem Siedlungszentrum aus Europa wieder besiedelt. Bis zur Einwanderung von indogermanisch sprechenden Ackerbauern vor etwa 7000 Jahren sei Europa von protobaskisch (vaskonisch) sprechenden Jäger-Sammlern oder Viehzüchtern bevölkert gewesen. Die von Osten einwandernden indogermanischen Ackerbauern hätten diesen Bevölkerungsstamm nur überlagert: 66 bis 90 Prozent des heutigen europäischen Erbguts stamme von den Protobasken. Genetisch gesehen seien Kelten, Romanen und Germanen nur Variationen eines protobaskischen Themas, Wellen auf einem tiefen See. Die Ackerbauern als kulturell überlegene Schicht hätten den Protobasken jedoch ihre Sprache aufgezwungen: Mit Ausnahme des alten Stamm- beziehungsweise Rückzugsgebiets in Südwestfrankreich beziehungsweise Nordspanien. Oppenheimers Theorien beruhen auf der Untersuchung von Y-chromosomalen Markern und mitochondrialer DNA (mtDNA) mit der Phylogeographischen Methode. Bei ihr verfolgt man individuelle Gene. Die Theorien passen zu Untersuchungen von Hans-Jürgen Bandelt und Martin Richards (Annual Review of Anthropology 2003, Vol. 32: 135-162), wonach nur ein Viertel oder weniger des europäischen Genpools auf eingewanderte Ackerbauern aus dem Nahen Osten zurückzuführen sei. Die europäischen Jäger und Sammler hätten demnach den Ackerbau übernommen und seien nicht durch Einwanderer ersetzt worden. Auch der Münchner Linguist Theo Vennemann unterstützt Oppenheimer. Vennemann ist bekannt für kühne Aussagen auf dünner Datenlage. So behauptet er unter anderem, die germanische Runenschrift und viele Wörter und grammatikalische Konstruktionen germanischer Sprachen seien im dritten vorchristlichen Jahrhundert von Händlern aus Karthago übernommen worden. Aber zum Thema: Vennemann will Indizien für die Sprache gefunden haben, die von den europäischen Jägern und Sammlern gesprochen wurde. Er geht davon aus, dass Nachrücker Fluss-, Berg- und Seenamen in der Regel von den Eingeborenen übernehmen. In der Tat sind in USA viele Namen von Seen und Flüssen indianischen Ursprungs, und die Alemannen übernahmen Orts- und Flussnamen von den Kelten. In der Umgebung Freiburgs zum Beispiel Dreisam von Trisamma ("Die Schnellfließende"), Zarten von Tarodunum ("eine mit einem Wall gesicherte Siedlung"). Oft verstünden die Nachrücker die Bedeutung des Namens nicht und hingen noch eine Erklärung an. So haben die Amerikaner nach 1945 den Chiemsee als Lake Chiemsee bezeichnet. Des weiteren geht Vennemann davon aus, dass diejenige Bezeichnung, die die Eigenschaft eines Ortes am direktesten zum Ausdruck bringe, als die älteste anzusehen sei. Die älteste Bezeichnung für einen Fluss ist Fluss oder Wasser, für einen Berg sei die älteste Bezeichnung Berg. Mit diesen beiden Annahmen erklärt Vennemann die Herkunft von über Europa verstreuten Flussnamen. So gebe es eine Isar, eine Yser, eine Isere, ein Isarco, und zahllose Eis- und Eisenbäche. Das seien Reste der protobaskischen Sprache, denn im Baskischen heißt "is" oder "iz" Wasser (Eisenbach wird im Alemannischen "Iisebach" ausgesprochen).
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