Onoda war auf Lubang stationiert, als im Februar 1945 amerikanische Truppen die Insel überrannten und kurz darauf das Kriegsende verkündeten. Der größte Teil der japanischen Streitkräfte wurde getötet bzw. gefangen genommen. Onoda und die Soldaten Yuichi Akatsu, Siochi Shimada und Kinshichi Kozuka konnten jedoch in den Dschungel flüchten und versteckten sich dort.
Im Oktober 1945 fand die Gruppe ein erstes Flugblatt, auf dem das Kriegsende mitgeteilt wurde. Kurz darauf ein Zweites mit der Aufforderung: „Der Krieg endete am 15. August. Kommt von den Bergen runter!“ Dem misstrauten die Soldaten aber, da sie ein paar Tage zuvor Schüsse vernommen hatten. Sie schlussfolgerten daher, dass es sich bei den Flugblättern um alliierte Propaganda handeln musste. Ende 1945 wurden weitere Flugblätter, mit dem Befehl des japanischen Generals Tomoyuki Yamashita, sich zu ergeben, abgeworfen. Die Gruppe um Onoda beriet sich, um letztendlich zu dem Schluss zu kommen, dass auch dieses Flugblatt eine List sei. Im September 1949 entfernte sich Akatsu von der Gruppe und ergab sich, nachdem er 6 Monate auf sich allein gestellt war, 1950 den Philippinern. Die verbleibenden drei Soldaten sahen im Verschwinden von Akatsu ein Sicherheitsproblem und wurden so noch vorsichtiger. Akatsu bestätigte unterdessen der Außenwelt, dass die anderen drei noch am Leben waren, was 1952 dazu führte, dass Briefe und Familienfotos mit der Aufforderung, sich zu ergeben, abgeworfen wurden. Die drei Japaner kamen dem erneut nicht nach. Während einer Schießerei mit lokalen Fischern wurde Shimada 1953 ins Bein getroffen. Onoda pflegte ihn daraufhin, bis er sich wieder erholt hatte. Am 7. Mai 1954 schließlich wurde Shimada dann von einem Suchtrupp erschossen, der die Männer ausfindig machen sollte.
Als Teil ihrer Guerillaaktivitäten verbrannten die beiden nun noch verbleibenden Männer Onoda und Kozuka am 19. Oktober 1972 Reis, welcher gerade von lokalen Bauern zusammengetragen wurde. Infolgedessen wurde Kozuka von der örtlichen Polizei erschossen. Nach diesem Vorfall wurde von den Behörden in Betracht gezogen, dass auch Onoda, der bereits im Dezember 1959 für tot erklärt wurde, noch leben könnte. Es wurden erneut Suchtrupps gebildet, die allerdings auch dieses Mal Onoda nicht ausfindig machen konnten. Die Nachricht, dass Onoda noch am Leben sein könnte, sprach sich bis nach Japan herum. Dort brach gerade der Student Suzuki Norio sein Studium ab und setzte sich das Ziel „Lieutenant Onoda, einen Panda und den Yeti zu finden, in dieser Reihenfolge“. Suzuki reiste also in die Region, in der Onoda vermutet wurde, und suchte dort nach ihm. Weil Suzuki Japanisch sprach, gab sich Onoda ihm am 20. Februar 1974 zu erkennen. Beide wurden Freunde. Onoda lehnte es jedoch weiterhin ab, sich ohne den Befehl eines Vorgesetzten zu ergeben. Suzuki kehrte daher mit Fotos von sich und Onoda, als Beleg für ihr Treffen, nach Japan zurück. Dort machten die Behörden Onodas ehemaligen Vorgesetzten, Major Taniguchi, ausfindig, der inzwischen Buchhändler geworden war. Dieser flog am 9. März 1974 nach Lubang, informierte Onoda über die Kapitulation Japans im Zweiten Weltkrieg und befahl ihm, sich zu ergeben. Das akzeptierte Onoda. Zu dieser Zeit trug er immer noch seine Uniform, sein Katana-Schwert, sein Gewehr sowie etwa 500 Schuss Munition und mehrere Handgranaten bei sich. Obwohl er während seiner Zeit auf der Insel ungefähr 30 Menschen umbrachte, ca. 100 weitere verwundete und in mehrere Schießereien mit der Polizei verwickelt war, wurde er aufgrund der Umstände vom philippinischen Präsidenten Ferdinand Marcos begnadigt.
