An-Numairi war der Sohn eines Briefträgers und Urenkel des Stammesführers der Wad-Numairi-Region in
Dungula. 1952 schloss er das sudanische Militärcollege ab, wo er stark von den Ideen von
Gamal Abdel Nassers 1949 gegründeter
Bewegung der freien Offiziere, die im im Juli 1952 durch einen
Putsch in
Ägypten an die Macht kam, beeinflusst wurde. 1966 schloss er das
United States Army Command College in
Fort Leavenworth (
Texas) ab. Drei Jahre später half er, einen Militärputsch gegen die Zivilregierung von
Ismail al-Azhari zu führen, kurz nachdem er zum Premierminister Sudans ernannt worden war. Er nutzte seine Position, um einige
sozialistische und
panarabische Reformen durchzuführen.
Dschafar Muhammad an-Numairi überstand 1970 einen Putschversuch von
Sadiq al-Mahdi; 1971 wurde er kurz durch einen
kommunistischen Putsch entmachtet, danach aber wieder eingesetzt. Später im Jahr 1971 wurde er zum Präsidenten gewählt, und es gelang ihm im nächsten Jahr, einen 17 Jahre andauernden
Bürgerkrieg zwischen dem Norden und Süden Sudans mit dem
Addis-Abeba-Abkommen zu beenden.
Im März 1980 überstand an-Numairi auch einen Putschversuch durch fünf Armeeoffiziere, die festgenommen werden. Er beschuldigte daraufhin die
Sowjetunion und
Syrien den Putschversuch unterstützt zu haben und bot ab Juni 1980 den USA die Benutzung militärischer Einrichtungen in Sudan an. Am 26. Juni 1980 kam es zudem zum Abbruch der diplomatischen Beziehungen zu
Libyen.
1981 begann er eine dramatische Veränderung zu einer
islamistischen Regierung. Im September 1983 unterzeichnete er ein Gesetz, mit dem die
Scharia im ganzen Land eingeführt wurde. Das Addis-Abeba-Abkommen verletzend löste er die südsudanische Regierung auf. Dadurch trieb er das Wiederaufflammen des
Bürgerkriegs an. 1985 bewilligte er die Hinrichtung des friedlichen, politischen
Dissidenten und muslimischen Reformers
Mahmud Muhammad Taha, der zuerst in den 1960ern, als die sudanische Regierung von
Ismail al-Azhari geführt wurde, des religiösen Aufruhrs angeklagt worden war, und erklärte ihn zum
Apostaten. Wenig später wurde Dschafar Muhammad an-Numairi durch einen Militärputsch abgesetzt.
Er lebte von 1985 bis 1999 im
Exil in Ägypten und kehrte danach nach Sudan zurück. Zuletzt war er ein Mitglied der Nationalen Kongresspartei.