Unter den Ruinen einer im 18. Jahrhundert erbauten Kirche Johannes des Täufers und dem benachbarten Friedhof entdeckte der griechische Archäologe Sotirios Dakaris 1958 bis zu 3,35 m dicke Mauern, die einen 22 m² großen unterirdischen Raum umschlossen. Diese Strukturen interpretierte er als das Zentrum des Totenorakels von Ephyra, das von Homer und Herodot erwähnt worden war, dessen genaue Lage aber bis dahin unbekannt gewesen war. In zwei längeren Kampagnen, von 1958 bis 1964 und von 1976 bis 1977 hat Dakaris das Heiligtum ausgegraben. Die gefundenen Baureste stammen vorwiegend aus dem 3. und 4. Jahrhundert v. Chr. Älteres trat nur vereinzelt zu Tage, so zum Beispiel Fragmente von Statuetten der Persephone aus Ton, die aus dem 7. Jahrhundert stammen.