Guevara wurde darüber hinaus Folter und Ermordung hunderter kubanischer Häftlinge, der Mord an Kleinbauern im Operationsbereich seiner Guerillatruppen
[44] sowie später Freude an der Exekution von Gegnern und die Einrichtung des ersten Arbeitslagers auf Kuba vorgeworfen.
[45]
Eine entsprechende Beschreibung Guevaras als skrupellos und brutal in der linken
taz[20] rief im Oktober 2007 erhebliches Aufsehen in der deutschen linken Szene hervor, nachdem solche Kritik sonst eher
Exilkubanern und früheren
Dissidenten aus dem ehemaligen Ostblock zugeordnet worden war. Ähnlich umstritten war die Deutung
Gerd Koenens, der von „phantastischen Weltbrandstiftungsszenarien" Guevaras sprach, „die noch aus der ‚atomaren Asche‘ den Neuen Menschen entstehen sahen“.
[46]
Dem von ihm verkörperten Freiheitsideal widerspricht die häufig als
stalinistisch definierte kompromisslose Politik gegenüber seinen Gegnern: Während seiner Zeit als Ankläger wurden in der als Gefängnis genutzten Festung
La Cabaña als ehemalige Anhänger des Batista-Regimes, Kollaborateure oder Vertreter des US-Geheimdienstes beschuldigte Kubaner in revolutionären Militärtribunalen verurteilt. Diese zu Zeiten des Ausnahmezustands in der ersten Jahreshälfte 1959 abgehaltenen Verfahren entsprachen keinerlei rechtsstaatlichen Mindeststandards und lösten internationale Empörung aus.
Über die Zahl der von Guevara direkt befohlenen Erschießungen gibt es keine genauen Angaben –
216 Fälle sind namentlich belegt, ein ehemaliger Angehöriger des Tribunals in La Cabaña geht von rund 400 aus, kubanische Oppositionelle rechnen teilweise mit wesentlich höheren Zahlen.
[47][48][49]
Die in den Folgejahren häufigen, auch international kritisierten Tötungen rechtfertigte Guevara 1964 ausdrücklich in einem Debattenbeitrag vor der Vollversammlung der Vereinten Nationen mit der Bemerkung, Kuba befinde sich in einem Kampf auf Leben und Tod.
[50] Als Industrieminister schickte Guevara zahlreiche, „mangelnder revolutionärer Moral“ beschuldigte Mitarbeiter ohne Gerichtsurteil in das sogenannte „Lager für Besserungsarbeit“ auf der
Halbinsel Guanahacabibes, einem der ersten von mehreren hundert in den ersten Revolutionsjahren entstandenen
Zwangsarbeitslagern.[51][52]
