Für Thessaloniki, das urbane und wirtschaftliche Zentrum „Neugriechenlands“, stellte sich die Frage der rücksichtslosen ethnischen „Flurbereinigung“ in besonderer Weise. Die Stadt zählte 1912 rund 150.000 Einwohner: 27.000 Griechen, 33.000 Türken, 81.000 Juden und 9000 Andersnationale. Dort veranstalteten die einrückenden griechischen Soldaten und Freikorps (im Selbstverständnis „Freiheitskämpfer“) sofort einen Pogrom, gerichtet gegen Türken und Juden: Raub, Vergewaltigung und Totschlag gehörten dazu. Die veränderte Atmosphäre schilderte Joseph Nechama: „Die Griechen aus unserer Gegend beneiden unsere kaufmännischen Erfolge und wollen uns dauerhaft verdrängen. Sie gehen geradewegs dazu über, die Juden anzugreifen.“
1913 warnte die Deutsche Levante-Zeitung: Der gewollte „allgemeine Mangel an persönlichem Schutz“, nicht vorhandene Rechtsprechung und Korruption der griechischen Zollbehörden treibe viele jüdische Firmen zur Aufgabe. Das in Berlin erschienene Jüdische Lexikon vermerkte 1927: Ziel der griechischen Regierung ist es, Thessaloniki möglichst schnell „zu entjuden und zu hellenisieren“. Nach dem Ergebnis der Volkszählung von 1928 wohnten damals bereits 250.000 Menschen in Thessaloniki, 60.000 davon Juden. Hatten Griechen 1912 nur 18 Prozent der Stadtbewohner ausgemacht, verfügten sie jetzt über eine Mehrheit von 75,5 Prozent – Türken, Bulgaren und Serben waren durch wirtschaftlichen Druck und per Bevölkerungsaustausch, der einem griechischen Aggressionskrieg gegen die Türkei folgte, vertrieben worden.
