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In der zweiten Studie wurden die drei Hauptvölker von Bosnien-Herzegowina unter die Lupe genommen. Hier kam heraus, dass die bosnischen Kroaten am homogensten sind, d.h. dass die Kroaten keine grosse Vielfalt in den Ursprüngen haben, sondern sie sich gegenseitig sehr ähnlich sind. Die grösste Vielfalt finden wir bei den Bosniern, welche als erste Menschen in dieses Gebiet einwanderten und nachher mehrere Völker wie die Slawen, Avaren, Kroaten und Serben aufnehmen mussten. Die Bosnier sind ursprünglich Illyrer gewesen, doch nach dem Zerfall des Römischen Reiches kam eine grosse Verschmelzung mit den Slawen, wodurch heutige Bosnier meistens als Slawen bestimmt werden. Lediglich manche Völker in den Bergern, konnten die Illyrische Abstammung durch die territoriale Abgrenzung bis heute noch behalten.
Weiterhin hat man aber festgestellt, dass die bosnischen Kroaten, bosnische Serben und Bosnier sehr stark miteinander verwandt sind und sich stärker ähneln als mit den Kroaten oder Serben. D.h. dass ein bosnischer Serbe stärker mit einem Bosnier als mit einem Serbe verwandt ist.
Die Y-Haplogruppe I1b, welche typisch für das Balkangebiet ist, findet bei den bosnischen Kroaten die grösste Übereinstimmung. 70% der bosnischen Kroaten gehören zu dieser Haplogruppe. die Serben dagegen sind in dieser Haplogruppe nur mit 35% vertreten, obgleich diese immer noch der grösste Stamm ausmacht.
Die Y-Haplogruppe J, typisch für eine jüdische Abstammung oder eine arabische Herkunft findet bei den Bosniern die grösste Vertretung mit 12%, während es bei den Kroaten lediglich 1% sind.
