Trogir war schon im 3. Jahrhundert v. Chr. als
griechische Siedlung Tragurion bekannt. Durch den schnellen Aufstieg des nahe gelegenen
Salona verliert Trogir seine einstige Bedeutung. In der Zeit des Zuzugs kroatischer Stämme lassen sich Flüchtlinge aus dem zerstörten Salona in der Stadt nieder. Ab dem 9. Jahrhundert ist die Bevölkerung den kroatischen Herrschern tributpflichtig. Die Stadt wird im 11. Jahrhundert Bischofssitz (
Bistum 1828 aufgehoben), im Jahr 1107 erkennt der
ungarische König
Koloman der Stadt die Autonomierechte zu. 1123 wird Trogir von den
Sarazenen eingenommen und fast bis auf die Grundmauern zerstört. Die Stadt erholt sich schnell und erlebt im 12. und 13. Jahrhundert einen starken wirtschaftlichen Aufschwung. Im Jahr 1242 sucht König
Béla IV. hier vor den
Tataren Zuflucht. Im 13. und 14. Jahrhundert wählt das zum Fürstentum von Bribir gehörende Trogir seine Fürsten am häufigsten aus den Reihen der Familie
Šubić; unter ihnen ragt
Mladen III. (1348) hervor. Im Jahr 1420 beginnt die lange Zeit der
venezianischen Herrschaft. Nach dem Fall
Venedigs im Jahr 1797 ist Trogir bis 1918 österreichisch (mit Ausnahme der französischen Besetzung von 1806-14) und fällt danach an das
Königreich der Serben, Kroaten und Slowenen. Später wird es Teil der
Sozialistischen Föderativen Republik Jugoslawien. Seit 1990 gehört Trogir zum unabhängigen Staat
Kroatien.