→ Hauptartikel: Griechenverfolgungen im Osmanischen Reich 1914–1923
Als Folge des Aufstiegs der Jungtürken im 20. Jahrhundert, wurden viele der ursprünglich mehr als 600.000 Pontier, wie auch Armenier und Aramäer, Opfer von Deportationen. Seit den 1980er Jahren nimmt die Diskussion zu, ob es sich dabei auch um einen Völkermord handelte. Die Befürworter der These sprechen von 353.000 Pontos-Griechen, die ihr Leben verloren. Hierzu veröffentlichte der Historiker Konstantinos Fotiadis 2004 eine vom griechischen Parlament beauftragte umfassende, allerdings bislang nur in griechisch vorliegende Untersuchung. Der britische Historiker Christopher Walker spricht von einer grausamen Verfolgung der Pontos-Griechen der Provinz Trabzon in den Jahren 1922-1924, die ihre Gemeinschaft nahezu vernichtet habe.[5] Die deutsche Soziologin Tessa Hofmann spricht offen von Völkermord und führt dabei die im griechischen Sprachraum für die Geschehnisse jener Zeit üblichen Begriffe Sphagi (Massaker) und Xerisomos (Entwurzelung) an. Diese Begriffe, so Hofmann, beschreiben fünf von sechs der späteren UN-Genozidkonvention aufgezählten Straftatbestände von Völkermord, wie beispielsweise die gewaltsame Überführung von Kindern der Gruppe in eine andere Gruppe, sowie die vorsätzliche Auferlegung von Lebensbedingungen, die auf die völlige oder teilweise physische Zerstörung der Gruppe abzielen.[6] Andere Genozid-Forscher wie Boris Barth bestreiten die Völkermord-These, da den Pontos-Griechen anders als den Armeniern die Fluchtoption in den griechischen Staat offenstand. Im Jahre 1923 beendete der Vertrag von Lausanne die Existenz der pontischen Griechen in der Türkei.
Der im Vertrag geregelte Bevölkerungsaustausch zwischen Griechenland und der Türkei bedeutete für die pontischen Griechen de facto die Vertreibung aus der Heimat. Rund 300.000 christliche Pontier wurden nach Griechenland umgesiedelt; nur einige wenige Tausende muslimische Pontos-Griechen konnten verbleiben. Insgesamt mussten auf beiden Seiten völkerrechtlich sanktioniert fast zwei Millionen Menschen ihre Heimat verlassen, davon etwa 1,25 Millionen Griechen und 356.000 Türken.[7]
