In den 1960er Jahren begann man, oberhalb der Sinterterrassen Hotels zu errichten, um Pamukkale für den aufkeimenden Tourismus in der Türkei attraktiver zu gestalten. Als Zufahrt zu den Hotels wurde eine Straße quer durch die Sinterterrassen gebrochen. Letztendlich wurden vier größere Hotelanlagen errichtet, die ihre Hauptattraktion, die Kalksinterterrassen, jedoch zunehmend selbst schädigten. Einerseits fehlte den Terrassen nun das Wasser, da es zum großen Teil von den Hotels aufgebraucht bzw. nur noch in stark verunreinigtem Zustand über den Kalkstein geleitet wurde, wodurch diese schnell verschmutzten und ihre strahlend weiße Färbung gegen ein Grauschwarz eintauschten. Andererseits war es den Hotelgästen und auch allen anderen Besuchern lange Zeit erlaubt, sich völlig frei auf den Terrassen zu bewegen und sogar in den Sintern zu baden. Dabei wurden der Kalkstein vor allem durch die Öle und Chemikalien in den Sonnencremes der Badegäste stark angelöst und begann weich und brüchig zu werden, wodurch große, teilweise nur sehr langfristig und aufwendig behebbare Schäden an den Sinterterrassen entstanden.Als sich diese Probleme gegen Anfang der 1990er Jahre durch einen immer größeren Zulauf von Touristen schließlich soweit verschärften, dass die Unesco drohte, Pamukkale von der Welterbeliste zu streichen – die Sinterterrassen wurden 1988 als Weltnaturerbe eingestuft – begann man mit einem großangelegten Rettungsprogramm.
Die erste 1996 durchgeführte Maßnahme war das generelle Bade- und Begehungsverbot für das gesamte Areal der Terrassenanlage. Zudem wurden im gleichen Jahr alle Hotels geschlossen und bis 1998 abgerissen. Alle heutigen Hotels befinden sich im Ort Pamukkale unterhalb der Terrassen. Sie bekommen ihr Thermalwasser dadurch erst, nachdem es die Sinterterrassen passiert hat. Auch die direkte Zufahrt auf den Berg wurde gesperrt. Auf der ehemaligen Straße wurden völlig neue, den natürlichen Terrassen nachempfundene Betonbecken angelegt, welche durch die Sinterausfällungen aus dem darüberfließenden Wasser nach und nach ein natürliches Aussehen annehmen werden. Dieser Vorgang ist schon weit vorangeschritten. Der Zugang zu den Terrassen ist auf den Bereich dieser ehemaligen Straße beschränkt und ist nur barfuß über die antike Stadt Hierapolis oder aus dem Ort Pamukkale möglich. Die Frequentierung dieses Abschnitts wird durch Sicherheitspersonal geregelt.
Die Renaturierung der Sinterterrassen selbst gestaltet sich weit schwieriger, denn vor allem im oberen, stark touristisch frequentierten Teil waren einige Sinterbecken bereits fast komplett zerstört. Türkische und internationale Experten arbeiteten deshalb an einem ausgeklügelten Bewässerungssystem, um den natürlichen Prozess der Kalkablagerung auf den Becken zu beschleunigen und somit die Wiederherstellung der Anlage voranzutreiben. Man erkannte, dass der im Wasser gelöste Kalk nur dann zuverlässig auf der bereits vorhandenen Ablagerung trocknete, wenn man die Terrassen einige Zeit gar nicht mit Wasser benetzte. Also legte man Wasserzuteilungskanäle an und teilte Pamukkale in 20 einzelne Bewässerungsabschnitte auf. Jeden Tag wird nur ein Abschnitt bewässert, auf den anderen Abschnitten hat die frische Kalkablagerung dadurch rund drei Wochen Zeit durchzutrocknen. Sehr stark beschädigte Terrassen wurden mittels Spezialbeton ausgebessert, der mit der Zeit von der natürlichen Kalkschicht bedeckt wird.
Inzwischen (Stand 2009) ist es nach rund zehn Jahren intensiver Renaturierung gelungen, den größten Teil Pamukkales wieder in seinem natürlichen weißen Glanz erscheinen zu lassen, auch wenn einige Teile nach Expertenmeinung noch etwa 30 Jahre benötigen werden, um sich wieder in ihrem alten Erscheinungsbild präsentieren zu können.
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