Damit nicht genug. Haradinajs Truppen richteten ihren Terror nicht nur gegen Serben und Roma, sondern auch gegen Albaner, die sich nicht unter die Kontrolle der UCK stellen wollten. Den Höhepunkt erreichten diese inneralbanischen Auseinandersetzungen nach dem Ende des NATO-Bombardements im Juni 1999. In einer Abrechnung mit der Musaj-Familie,
die im Gegensatz zu Haradinaj die Demokratische Liga Kosovas (LDK) Ibrahim Rugovas unterstützte, soll Ramush Haradinaj die Ermordung von vier Mitgliedern der Rugova nahe stehenden paramilitärischen Streitkräfte der Republik Kosova (FARK) angeordnet haben. Der Konflikt zwischen den Ex-FARK-Anhängern und Haradinajs Ex-UCK-Truppe forderte seit Kriegsende 1999 im Südwesten Kosovos nach Schätzungen mindestens 70 Todesopfer.
Die blutigen Auseinandersetzungen um die Kontrolle des südwestlichen Kosovos haben indes nicht nur einen politischen Hintergrund. Haradinajs Heimatregion im Länderdreieck zwischen Kosovo, Albanien und Montenegro gilt als einer der bedeutendsten Umschlagplätze für den Schmuggel von Drogen, Zigaretten, Waffen und Menschen auf dem Balkan. Einem auszugsweise bekannt gewordenen vertraulichen Bericht des Nachrichtendienstes der Vereinten Nationen, Central Intelligence Unit (CIU), vom Dezember 2003 zufolge
soll es bei den Auseinandersetzungen zwischen Haradinaj und dem Musaj Clan auch um die Kontrolle des Drogenhandels gehen.
