Die Taliban verhängten über die Gebiete unter ihrer Kontrolle ihre politische und juristische Interpretation des Islam. Die Hälfte der Bevölkerung, die Frauen, lebten quasi unter Hausarrest.[29] Nach einem Bericht der Vereinten Nationen begingen die Taliban systematische Massaker gegen die Zivilbevölkerung während sie versuchten ihre Kontrolle im Westen und Norden Afghanistans zu konsolidieren.[30][31] Die Vereinten Nationen benannten 15 Massaker in den Jahren 1996 bis 2001.[30][31] Diese seien „höchst systematisch gewesen und alle auf das Verteidigungsministerium [der Taliban] oder Mullah Omar persönlich zurückzuführen.“[30][31] Die sogenannte 055 Brigade Al Qaidas war ebenfalls an Greueltaten gegen die afghanische Zivilbevölkerung beteiligt.[28] Der Bericht der Vereinten Nationen zitiert Zeugenaussagen welche beschreiben, dass arabische Milizionäre lange Messer mit sich trugen, mit denen sie Kehlen aufschnitten und Menschen häuteten.[30][31]