In Makedonien wird mehrheitlich Rotwein ausgebaut; die wichtigste Rebsorte ist Xinomavro. Die Rebsortenvielfalt wurde durch die Reblauskatastrophe Ende des 19. Jahrhunderts stark eingeschränkt. Forscher des Weinbauinstituts in Athen gehen von einem Verlust von nahezu 60 % der autochthonen Sorten der Region aus. Andererseits belegen neuere Funde von alten Reben bei Siatista in der Präfektur Kozani, dass viele der verlorengeglaubten Sorten heutigen Qualitätsanforderungen nicht genügen.
Auffällig ist, dass die nach der Reblauskatastrophe neu angelegten Weinberge oftmals über eine geringe Pflanzdichte von 3000 Reben je Hektar verfügen. Diese für einen Qualitätsanbau zu geringe Dichte (international spricht man von einer idealen Bestockung von 5000 bis 10000 Reben je Hektar) ist vorrangig den hohen Kosten des Pflanzenmaterials geschuldet. Während nach der Reblaus gepfropfte Reben bezogen werden mussten, genügte es davor, dass der Winzer eigene Stecklinge seiner Reben zog. Im frühen 20. Jahrhundert verließen viele Makedonier ihre Heimat. Viele Rebflächen wurden aufgelassen. Eine Wiederbelebung der Region erfolgte jedoch bereits in den frühen 1920er Jahren. 1922 endete der Griechisch-Türkische Krieg mit einer deutlichen griechischen Niederlage. Im Vertrag von Lausanne 1923 wurde ein Bevölkerungsaustausch vereinbart: Alle noch in großen Teilen der Türkei verstreut lebenden Griechen wurden nach Griechenland vertrieben (etwa 1,5 Millionen), im Gegenzug mussten an die 500.000 meist türkische Muslime Griechenland verlassen, mit Ausnahme der Muslime in Thrakien. Viele der mikrasiates genannten griechischen Flüchtlinge fanden in Makedonien eine neue Heimat und legten dort eine Vielzahl neuer Weinberge an.
Mit den Herkunftsbezeichnungen Naoussa in Imathia, Amyndeo in Florina, Goumenissa in Kilkis und Côtes de Meliton (griechisch Plagies Melitona Πλαγιές Μελίτωνα) in Chalkidiki verfügt Makedonien über vier der insgesamt 25 OPAP-Weine Griechenlands.
Der Weinbau in der Präfektur Drama wird von zwei Weingütern der Familie Lazaridi dominiert. Da es in dieser Region keine OPAP-Bestimmungen gibt, konnte die durch den Abbau von Marmor und Granit zu Vermögen gekommene Familie ihren Vorstellungen von Qualitätsweinbau freien Lauf lassen. Nicos Lazaridis führt das 52 Hektar große Weingut Château Nico Lazaridi und sein Bruder Kostas steht dem 200 Hektar Gut Domaine Costa Lazaridi vor. Letztgenanntes Gut bringt seit Anfang der 1990er Jahre mit der Produktlinie Amethystos Weiß-, Rosé- und Rotweine in der Tradition des französischen Weinbaus. Als Berater nutzte Kostas die Dienste von Denis Dubourdieu, Professor der Universität von Bordeaux und Besitzer des bekannten Weinguts Château Doisy Daëne sowie seit 2004 von Michel Rolland.
