Die Osmanen eroberten Serbien unter dem Vorwand, dem Land Ordnung zu bringen, bis sich die politische Lage in Serbien stabilisiert hätte. Der Grund war, dass der damalige Gouverneur von Serbien Mihailo Anđelović gestürzt wurde, der wiederum der Bruder des osmanischen Großwesirs Mahmud-Pascha Anđelović war. Serbien wurde zum Sandžak von Smederevo, das nach der osmanischen Einnahme von Belgrad 1521 zum Sandžak von Belgrad umbenannt wurde. Die südlichen Gebiete wurden zum Sandžak von Kosovo, die südwestlichen um das alte Raszien zum Sandžak Novi Pazar, das aber dem Vilayet von Bosnien (1463 erobert) angeschlossen wurde, die Küstengebiete kamen zum Sandžak von Shkoder-Skutari. Damit wurden Fakten geschaffen, die kulturell und politisch bis heute fortwirken.
Trotzdem brach der serbische Widerstand gegen die Osmanen immer noch nicht ab. Dieser konzentrierte sich in Südungarn, der späteren Vojvodina, wo Matthias Corvinus eine Art Militärgrenze errichtete. Dorthin übersiedelten viele Serben, die unter ihren Despoten oder Herzögen Autonomie erlangten, dafür aber für Ungarn vorwiegend gegen die Osmanen kämpfen mussten. Die serbischen Despoten wurden von den ungarischen Königen nominiell als die wahren Herren Serbiens ausgerufen. Mit dem osmanischen Sieg über Ungarn bei Mohács 1526 war auch das Ende des serbischen Fürstentums in Ungarn entschieden.
Die nächsten Jahrhunderte herrschten die Osmanen über Serbien. In dieser Zeit wurden manche serbischen Christen zu Moslems, doch blieb das serbische Nationalgefühl unter anderem durch die serbisch-orthodoxen Klöster erhalten.
In mehreren Aufständen versuchten die Serben, sich von der osmanischen Herrschaft zu befreien, die sie als schweres Joch empfanden. Der erste große serbische Aufstand begann in der Vojvodina 1593, der aber bis 1607 blutig niedergeschlagen wurde. Als die Habsburger die Osmanen aus Ungarn vertrieben (siehe Türkenkriege), wagten die Serben um 1689 nochmals einen Aufstand. Unterstützt von serbischen Aufständischen drangen die Truppen der Habsburger bis nach Sarajevo in Bosnien und Skopje in Mazedonien vor. Als sich jedoch die Österreicher zurückziehen mussten, folgten ihnen auch viele Serben, insbesondere diejenigen die sich am Aufstand beteiligt hatten und nun die Rache der Osmanen befürchteten, darunter auch der serbische Patriarch Arsenije III. Crnojević. Es kam zu großen Flüchtlingsbewegungen, die in die serbische Geschichte als seobe, Wanderungen, eingingen.
Die Serben siedelten sich hauptsächlich in den zumeist entvölkerten Gebieten Südungarns an, einige kamen bis nach Budapest, in dessen Nähe zwei damals bedeutende serbische Siedlungen gegründet wurden: Szentendre nördlich und Ráckeve südlich von Budapest. Andere folgten dem Ruf der russischen Zarin Katharina der Großen und siedelten in der heutigen Ukraine, wo es zwei serbische Provinzen gab: Nova Serbia und Slovjanoserbia .