Schon in der Antike war Bosnien ein wichtiges Transitland zwischen Adria und Donauraum, sodass sich in dem fruchtbaren und gebirgigen Land einige wohlhabende Handelsstädte herausbilden konnten. Zu dieser Zeit gehörte Bosnien zur römischen Provinz Illyricum. Von der römischen Präsenz zeugen auch heute noch viele Ausgrabungsstücke und Befestigungsanlagen.
Nach der Einwanderung der Slawen im 7. Jahrhundert stand Bosnien zumeist unter byzantinischer Herrschaft, jedoch gelang es den Fürsten, eine weitgehende Autonomie zu erwerben und bewahren. Später war es auch Teil des bulgarischen und serbischen Reichs sowie Teil Ungarns. Alle fremdländischen Herrschaften vermochten jedoch nicht, direkten Einfluss auf die Politik des Landes auszuüben, die Macht verblieb in den Händen des lokalen Adels und der Fürsten. Bosnien gehörte dem im Jahr 925 gegründeten Königreich Kroatien bis zum Jahr 1102 an.
Der Landesname Bosnien taucht erstmals um das 10. Jahrhundert auf, allerdings bezieht er sich hier nur auf das Kernland am Oberlauf der Bosna. In den Jahren 1154 bis 1463 war es meist ein selbstständiges Fürstentum bzw. später Königreich.
Der erste bekannte Herrscher über Bosnien war Ban Borić, welcher von 1154-1164 regierte. Während seiner Regierungszeit befanden sich das Königreich von Ungarn und Byzanz im Krieg. Borić stellte sich auf die Seite von Ungarn wobei er bei der Belagerung von Braničevo mitmachte. Bei seiner Rückkehr nach Bosnien wurde er vom Byzantinischen Heer geschlagen und musste fliehen.
Nach Ban Borić herrschte bis 1180 Byzanz über Bosnien. Nun kam Ban Kulin an die Macht. Er nutzte die vorübergehende Schwäche von Byzanz durch den Tod Manuel I. Komnenos' und anerkannte immer mehr die Herrschaft von Ungarn. Dies wirkte sich jedoch nicht auf die Eigenständigkeit von Bosnien aus und Ban Kulin nahm das Gebiet der Usora und Soli ein, womit sich die Herrschaft Bosniens auf den gesamten Flusslauf der Bosna ausweitete. Wie die Eroberungen schritt auch die Ökonomie voran. Ban Kulin schloss 1189 ein Handelsabkommen mit der Rebublik von Dubrovnik ab, auch bekannt als "Povelja Kulina bana". Dies ist eines der frühesten staatlichen Dokumente auf dem Balkan. Am Ende des 12. Jh. gab es immer mehr Anklagen gegen Ban Kulin wegen seiner Unterstützung für die Bosnische Kirche, welche als eine Häresie angesehen wurde. Dies gefiel Papst Innozenz III. überhaupt nicht, und er überredete den ungarischen König zu einem Kreuzzug gegen Bosnien. Ban Kulin sah die Gefahr und nahm mit einer grossen Zahl von Anhängern der bosnischen Kirche den katholischen Glauben auf dem "Bilino Polje" in Zenica an. Über den genauen Nachfolger von Ban Kulin gibt es keine genauen Angaben. Um 1230 wird Ban Matej Ninoslav erwähnt. Er nahm nach einigen Feldzügen Livno, die Neretva-Region und Ustiprača (Novo Goražde) ein. Nahch ihm kam um 1290 Ban Stjepan I. Kotromanić an die Macht. Stjepan I. regierte nur in den Gebieten an der Drina. Dies nutzte der kroatische Ban Pavle Bribirski (Šubić) aus und nahm auch Bosnien ein. Der Sohn von Pavle Bribirski Mladen I. Šubić starb kurz nachdem er Ban wurde. Sein Bruder Mladen II. Šubić übernahm nun die Macht. Er zog auch den späteren Ban Stjepan II. Kotromanić auf. Stjepan II. stürzte mit Hilfe von Ludwig I. (Ungarn) Mladen II. und übernahm nun die Regierung. Gleichzeitig wurde er Vasall von Ludwig I., welcher auch seine Tochter Elisabeth zur Frau nahm.
1377 krönte sich der bosnische Ban Stjepan Tvrtko Kotromanić in Mile bei Arnautovići zum König von Serbien, Bosnien, Serbien/Raszien, Herzegowina/Hum und der Küstenländer, wodurch er in politischen Konflikt mit dem regulären Nachfolger der serbischen Königskrone Marko Mrnjavcević, der im Gebiet des heutigen Mazedoniens herrschte, geriet. Tvrtko war der Enkel der Elisabeth Nemanjić - ein Mitglied der aus Raszien stammenden serbischen Königsdynastie der Nemanjiden, weshalb er sich als rechtmäßigen Erben der gesamtserbischen Krone betrachtete. Die mittelalterliche Hauptstadt und Sitz des Königs war Kraljeva Sutjeska. Markos Onkel Uglješa Mrnjavcević herrschte über die Hum, die heutige Herzegowina mit Sitz in Trebinje. Das Königreich Bosnien wurde für fast ein Jahrhundert der mächtigste Staat der Region.
1389 folgte König Stjepan Tvrtko Kotromanić dem Aufruf des serbischen Fürsten Lazar Hrebeljanović und entsandte einen Teil seines Heeres zum Amselfeld um sich dort mit dem restlichen serbischen Heer den Osmanen entgegen zu stellen. 1463 wurde Bobovac nahe Kraljeva Sutjeska von den Osmanen eingenommen. König Stjepan Tomaš Kotromanić wurde umgebracht. Mit dem Tod seiner Frau Katarina Kosača-Kotromanić 1478 in Rom erlosch die bosnische Krone. Erst 70 Jahre nach Sarajevo fiel Bihać als letzte bosnische Stadt. Bosnien wurde damit zu einem osmanischen Vilayet (Provinz). Mit der Rückeroberung Südungarns und Slawoniens durch Prinz Eugen wurde das Land zur Grenzzone. Österreichische Truppen versuchten mehrmals, auch Bosnien zu erobern, was aber scheiterte, so dass sich die Savegrenze stabilisieren konnte. Allerdings zerstörte Prinz Eugen bei einem Feldzug Sarajevo.
Bosnien war eine der wichtigsten Provinzen des Osmanischen Reiches, da es die europäische Grenze des Reiches schützte. Der bosnische Beylerbey, Statthalter des Sultans, war wie kein anderer Statthalter mit unumschränkter Gewalt ausgestattet. Die Statthalter Bosniens gehörten neben dem Sultan zu den mächtigsten Männern des Reiches. Der Titel des Beylerbey war neben den bosnischen Statthaltern nur wenigen anderen Statthaltern des Reiches vorbehalten. Während der osmanischen Zeit erreichte Bosnien eine zweite, orientalische Blüte; es ging vollends auf in der Kultur des Osmanischen Reiches und viele Männer aus Bosnien und der Herzegowina erwarben hohe Würden am Hofe des Sultans und wurden zu Militärführern, Diplomaten und Großwesiren des Reiches.
Nach der Reconquista in Spanien siedelten sich auch vertriebene sephardische Juden in Bosnien an. Während der osmanischen Herrschaft kam es des Öfteren zu Revolten gegen die aus Asien stammenden Besatzer, alle wurden jedoch niedergeschlagen. Von solch einer Revolte wird im Buch Die Brücke über die Drina von Ivo Andric berichtet.
Die Balkan-Halbinsel um 1888
1878 wurde Bosnien österreichisch-ungarischer Verwaltung unterstellt (Kondominium), während es bis 1908 formell weiterhin dem Sultan unterstand. In dieser Zeit wurde der Begriff Bosnien und Herzegowina (Bosna i Hercegovina) geprägt. 1908 annektierte Österreich-Ungarn Bosnien-Herzegowina und löste damit die Bosnische Annexionskrise aus. Das Attentat von Sarajevo 1914 durch Mitglieder der Studentenbewegung Mlada Bosna und der serbischen Widerstandsgruppe Schwarze Hand wurde von Österreich-Ungarn als Vorwand für eine Kriegserklärung gegenüber dem Königreich Serbien genommen, was wegen der Garantien der damaligen Großmächte untereinander und gegenüber kleineren Staaten zum Ersten Weltkrieg führte.
