Alp Arslan rüstete sich als nächstes für einen Krieg gegen das Kernland der
Fatimiden in Ägypten. Doch kurz vor Beginn des Feldzugs brach ein Konflikt mit Byzanz aus. Der neue byzantinische Kaiser
Romanos IV. wollte die Seldschuken besiegen und vertreiben. Es kam zu mehreren Schlachten in
Kilikien. Die Entscheidungsschlacht fand 1071 in der
Schlacht von Manzikert statt. Die Byzantiner verloren ganz Ost- und Mittelanatolien an die Seldschuken. Kaiser Romanos IV. wurde gefangengenommen und später freigelassen. Folgender Dialog soll zwischen beiden Herrschern stattgefunden haben:
Alp Arslan:
"Was würdest du tun, wenn ich als Gefangener zu dir gebracht würde?"Romanus: "Vielleicht hätte ich dich getötet oder dich in den Straßen Konstantinopels ausgestellt."Alp Arslan: "Meine Strafe ist weitaus härter. Ich vergebe dir und lasse dich frei." Da das Hauptaugenmerk des Sultans die Vernichtung der Fatimiden war, wurde der Kaiser frei gelassen. Der Krieg gegen Byzanz sollte später stattfinden. Doch der freigelassene Kaiser wurde in Byzanz abgesetzt,
geblendet und ins Exil nach
Proti geschickt.