HVO i Armija BiH su se zajednički borili protiv srpskog agresora 1992. do srpnja 1993. godine. Nakoliko dana prije sukoba između te dvije vojske u UNPROFOR-ovu transporteru u Maglaj je došao dr. Ejup Ganić i dao nalog političkim i vojnim vođama muslimansko-bošnjačkog naroda da Armija BiH napadne HVO i hrvatsko pučanstvo. Sukob je počeo prvih dana srpnja 1993. godine i u prvom naletu sravnjeno je 35 hrvatskih kuća u selu Liješnica.
Zgarište u Dusini kod ZeniceU ratnom sukobu između Armije BiH i HVO-a Hrvati su imali 24 ratne žrtve, do toga je bilo osam zarobljenih i ubijenih vojnika HVO-a, jedno dijete i 15 odraslih civila, a protjerano je 4200 ljudi. U rujnu 1993. i u siječnju 1994. u selu Novakovići je ubijeno 17 Hrvata. Među tim žrtvama bio je i Franjo (Ivića) Banović (1951.), otac troje djece, kojega je identificirao njegov sin Marijan. Franjino tijelo je ekshumirano 18. ožujka 1993. godine, a na mrtvom tijelu bili su vidljivi tragovi mučenja i masakriranja. Ruke su mu bile vezane, skinuta je s njega odjeća, leš je bez potiljka, nema očiju u dupljama i nema rana od vatrenog oružja.
Tijelo Ilije (Ilijin) Babića (1961.), oženjenog i oca troje djece, ekshumirano je također 18. ožujka 1994. godine. Tijelo je bilo bez odjeće, s njegova vrata otkinut je lančić, imao je oveću ranu iznad desnog oka i rez na desnoj strani vrata, dužine 3-35 cm pa se zaključuje da je mučen i priklan. Ubijen je i zarobljeni vojnik HVO-a Ilija (Andrije) Slišković (1964.), otac dvoje djece. Njegova glava je tek podsjećala na ljudsku glavu, jer je bila smrskana tupim predmetom, a po tijelu nije imao rana od vatrenog oružja.
U Maglaju je svetište sv. Leopolda Mandića, crkva je podignuta 1978. godine, a muslimansko-bošnjačko stanovništvo se nasilno uselilo u župni ruševni ured. Muslimansko-bošnjačke vlasti dugo vremena nisu dopuštale župniku don Ivi Ikiću služenje svete mise u oštećenoj crkvi.
Sukob između HVO-a i Armije BiH na zavidovačkom području počinje kasnije. Prvi otvoreni sukob dogodio se 25. lipnja 1993. godine kada je Armija BiH minobacačkom vatrom gađala selo Lovnica. Mete granatiranja su bile katolička crkva, katoličko groblje, prodavaonica živežnih namirnica i skupine hrvatskih kuća. U sukobu Armije BiH i HVO-a Hrvati su imali 13 žrtava, od toga je bio jedan zarobljeni i ubijeni vojnik HVO-a i 12 odraslih civila, a protjerano je i izbjeglo 4000 ljudi.
U Gornjoj Lovnici 26. lipnja 1993. godine geleri granata Armije BiH ranili su četiri hrvatska civila, a među njima je bila i Ivka Martić, koja je bila trudna. Od tih gelera pao je mrtav Ivica Vidović (1964.), a teško je ranjen Franjo Lupić, otac četvero djece, i od teških rana preminuo je u bolnici u Zagrebu. Hrvatski civili neprestano su strepili od granata i snajperista Armije BiH dok su tražili vodu ili hranu, pohodili najbliže, pomagali bolesne i starce, prenosili ranjenike.