Bergoglio hat die bisherige kirchliche Lehre in der Frage der Homosexualität bekräftigt. Er sprach sich für Respekt gegenüber Homosexuellen aus[SUP]
[10][/SUP], kritisierte im Jahr 2010 jedoch in einem Brief an die argentinische Regierung mit deutlichen Worten die Legalisierung der gleichgeschlechtlichen Ehe. Er sprach von einem „echten und bitteren anthropologischen Rückfall“. In einem Brief an die Klöster von Buenos Aires schrieb er: „Lasst uns nicht naiv sein, wir reden nicht von einem einfachen politischen Schlagabtausch; Es ist eine destruktive Anmaßung gegen den Plan Gottes. Wir reden nicht über ein bloßes Gesetz, sondern eher eine Intrige vom
Vater der Lügen, welche die Kinder Gottes zu verwirren oder zu täuschen versucht.“[SUP]
[11][/SUP] Die argentinische Präsidentin
Cristina Fernández de Kirchner kritisierte Bergoglios Haltung; sie sagte, der Ton der Kirche erinnere sie an „Mittelalter und die Inquisition“.