Während des
Zweiten Weltkrieges konnte die Türkei unter seiner Führung bis kurz vor Kriegsende ihre Neutralität bewahren. Die Beistandsabkommen mit Großbritannien und Frankreich ergänzte er 1941 um einen Freundschaftsvertrag mit dem Deutschen Reich. Bis zum August 1944 unterhielt die Türkei diplomatische und wirtschaftliche Verbindungen mit Deutschland. Am 1. März 1945 erklärte sie dem Deutschen Reich den Krieg.
Nach dem Krieg lehnte er sich außenpolitisch an die USA an, während die Beziehungen zur Sowjetunion nach der Kündigung des Neutralitätsvertrags im August 1946 zusehends schlechter wurden. Hauptstreitpunkt blieben die Meerengen zwischen Mittelmeer und Schwarzem Meer.
Innenpolitisch setzte İnönü eine vorsichtige Demokratisierung in Gang. 1943 ließ er eine größere Zahl unabhängiger Parlamentsabgeordneter zu. In einer Rede am 19. Mai 1945 kündigte er die Umwandlung der Türkei in eine
Demokratie an.
Anfang 1946 genehmigte er die Gründung der Demokratischen Partei und damit die Entstehung eines Mehrparteiensystems. In der Religionspolitik verstärkte İnönü einerseits den Laizismus, indem er den Einfluss der Geistlichkeit auf den Staat weiter einschränkte, förderte aber andererseits die Ausbildung junger Geistlicher. Eine Bodenreform teilte die Staatsgüter unter den Bauern auf.
Nach der Wahlniederlage seiner CHP am 14. Mai 1950 trat er zurück; seine Partei hatte nur noch 69 der 487 Mandate gewonnen. Er war für die nächsten zehn Jahre Oppositionsführer, bevor er nach dem
Militärputsch zunächst Vorsitzender der verfassungsgebenden Versammlung und vom 27. Mai 1960 bis Ende 1961 erneut Ministerpräsident war. In seine letzte Amtszeit fiel der
Assoziations-Vertrag mit der
EWG.
Im Jahr 1964, im vorletzten Jahr seiner letzten Amtszeit 1961 bis 1965, entging der 79-jährige Ministerpräsident knapp einem Pistolenattentat. Nachdem sein Dienstwagen nach dem Attentat nicht ansprang beruhigte İnönü seinen Sekretär und den Chauffeur: „Seid doch nicht so in Eile, die sagen nachher, wir hätten Angst.“[SUP]
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Am 20. Oktober 1972 trat İnönü als Parteivorsitzender zurück und wurde Senator. Nach seinem Tod im Jahr 1973 wurde die
İnönü-Universität in
Malatya 1975 nach ihm benannt.